Naturemicrobiology

猪是畜产品的主要来源，通常作为首选模式物种应用于人体多种生理功能和疾病分析。人体肠道基因集对肠道微生物和宿主生理功能间相互关系的知识起到巨大推动作用。构建一个全面的猪肠道微生物基因集是对已知猪基因组的逻辑延伸。本研究对头猪的粪便DNA进行深度宏基因组测序，共检测到7,,个非冗余基因，代表个物种。文献ID杂志：Naturemicrobiology时间：-9题目：Areferencegenecatalogueofthepiggutmicrobiome中文标题：猪肠道菌群的参考基因集材料方法1.样品收集和DNA提取分别以来自法国（头）、丹麦（头）和中国（87头）共11个农庄，不同年龄、不同品种（17种）、不同饮食习惯的猪作为研究对象，取直肠的新鲜粪便，立即转入液氮或干冰冷冻，-80℃保存。取mg粪便用于DNA提取。提取时，将无菌磁珠和粪便同时放入离心管震荡2次，每次30s,震荡间歇置于冰上孵化2min。最后用Nanodrop进DNA浓度检测。2.DNA测序每个样品构建一个文库，插入片段为bp，测序策略：IlluminaGAIIx、HiSeq2，PE。3.DNA组装和基因集构建（1）DNA组装：去除接头等低质量reads和宿主基因组DNA数据，得到平均每个样品6.13Gb,共1,Gb高质量数据。73.7%的reads被组装成3万个contigs，每个contigs长度均超过个碱基，总的contig长度为45.7GB。（2）基因集构建：GeneMark用来预测每个样品contigs的开放性阅读框（ORFs）;分别与人和小鼠进行一一比对，发现猪的肠道基因集整体平均ORF长度和组装的N50contig长度较短。利用BLAT对所有样品基因进行成对比较构建非冗余基因集；基于NCBI-NR数据库通过CARMA3对基因进行分类；基于eggnog和KEGG数据库进行基因功能注释。4.数据分析方法（1）分类分析：属、门、种水平的物种分类、MGS分析、KEGG功能基因分析、耐药基因分析。利用Bray–Curtis距离定义样品之间的差异，并通过二维非度量多维尺度法（NMDS）进行可视化。（2）丰度计算：基于fitZig函数中的zero-inflated高斯混合模型进行丰度计算。通过计算Spearman相关系数获得参与柠檬酸循环的耐药基因和酶的相关性。为鉴定猪肠道宏基因组的性别差异，本文分别对来自两个不同农场相同品种的两组猪（第一组：11头公猪，14头母猪；第二组：10头被阉割的公猪，10头母猪。两组猪饮食方式相同）进行分析，利用iPath2.0将公猪和母猪之间的差异基因或酶注释到KEGG代谢通路中。（3）数据上传：本文获得的猪肠道宏基因组数据已存储至欧洲核苷酸档案库（EuropeanNucleotideArchive，ENA），基因序列和相关的功能分析结果已上传至GiGaDB数据库（







































北京白癜风治疗最好的医院
北京白癜风专科医院咨询